Cá hồi có hệ miễn dịch tương đối đầy đủ, gồm miễn dịch bẩm sinh (IFN type I, ISGs, PRRs như TLRs, RIG-I, MDA5) và miễn dịch thích nghi (IgM, IgT, CD4+, CD8+ T cells)  

Virus RNA thường né tránh miễn dịch bằng cách ức chế sản xuất IFN hoặc ngăn chặn tín hiệu JAK/STAT  

SAV gây bệnh tụy và cơ tim, có nhiều biến thể (SAV1–6), phản ứng miễn dịch gồm IFN type I, TLR7/8, RIG-I, và kháng thể trung hòa (anti-E2)  

ISAV gây thiếu máu cấp tính, có khả năng biến đổi gen mạnh (HPR0 → HPRdel), ức chế IFN bằng protein từ đoạn gen 7 và 8  

IPNV có khả năng tồn tại lâu dài trong bạch cầu, ức chế IFN bằng các protein VP2–VP5, đặc biệt VP4 và VP5 ảnh hưởng đến Mx promoter  

PRV phổ biến nhất, gây viêm cơ tim và cơ xương, tồn tại lâu dài trong hồng cầu và đại thực bào, kích hoạt mạnh ISGs nhưng không gây chết tế bào  

PMCV gây hội chứng bệnh cơ tim (CMS), chủ yếu ảnh hưởng đến tâm nhĩ và tâm thất, phản ứng miễn dịch gồm IFN, IgM, CD8+ T cells và bổ thể  

Các nghiên cứu transcriptome và proteome cho thấy sự khác biệt về phản ứng miễn dịch giữa các mô, thời điểm và mức độ bệnh  

Tế bào hồng cầu ở cá hồi có vai trò miễn dịch quan trọng, có thể cảm nhận virus, sản xuất IFN và biểu hiện MHC  

Virus có thể tồn tại dai dẳng bằng cách ức chế apoptosis, né tránh IFN, và sống trong đại thực bào  

Vaccine hiện có hiệu quả chưa tối ưu, cần cải tiến bằng công nghệ mới như DNA vaccine, IFN adjuvant, hoặc chỉnh sửa gen