Nguyên liệu: xoài cv. Zill tiền climacteric (~100 ngày sau nở hoa), chọn quả đồng đều, không bệnh, rửa và làm khô. Nấm C. gloeosporioides phân lập từ quả thối, nuôi PDA 28 °C 5 ngày; huyền phù 10⁵ bào tử/mL.  

Xử lý: 200 quả chia 2 nhóm, gây vết thương hai đầu, nhóm 1 nhỏ 20 µL huyền phù nấm, nhóm 2 đối chứng với nước cất; ủ 28 °C, RH 90%, 9 ngày. Thu mẫu vỏ quanh điểm gây nhiễm (bán kính 30 mm) ở các thời điểm.  

Transcriptome: RNA từ mẫu nhiễm 2 h, 6 h, 1, 3, 5 ngày được trộn đều, tạo thư viện cDNA, giải trình tự Illumina HiSeq 2000, lắp ráp Trinity. Lọc được 63,2 triệu cặp đọc sạch (Q20 96,1%, GC 46,1%), lắp 131.750 unigene (độ dài TB 1.369 bp, N50 = 2.316 bp). 70,8% unigene được chú giải (Nr, KEGG, Nt, Swiss-Prot, InterPro, COG), 47.770 unigene gán GO, 44.145 unigene phân vào 24 nhóm COG, nhiều nhóm liên quan cơ chế kháng bệnh (MAPK, sinh tổng hợp phenylpropanoid, tín hiệu hormone).  

Xác nhận: chọn 17 ERF từ RNA-seq, thu cDNA đầy đủ bằng RACE, so sánh trình tự với Arabidopsis, cà chua, thuốc lá; tất cả chứa miền ERF/AP2 bảo thủ.  

Biểu hiện gen: theo dõi đường kính vết bệnh → xuất hiện sau 3 ngày, tăng nhanh. qRT-PCR cho thấy đa số ERF, NBS-LRR, NPR và PR được chọn đều tăng mạnh (1,2–368 lần) ở quả nhiễm so với đối chứng; một số ERF/NBS-LRR/NPR giảm hoặc không đổi.  

Thảo luận: dữ liệu phiên mã phong phú, chất lượng cao; nhiều gen phòng vệ ứng cử viên. ERF có thể là chất kích hoạt hoặc ức chế kháng bệnh; NBS-LRR, NPR, PR liên quan đáp ứng trung gian acid salicylic. Kết quả gợi ý vai trò quan trọng của các đường tín hiệu và TF trong kháng C. gloeosporioides ở xoài.