Mẫu được thu tại 6 vị trí dọc theo gradient độ mặn trong ba mùa: tiền gió mùa, gió mùa Tây Nam và gió mùa Đông Bắc. Tổng cộng 48 loài vi sinh vật phù du được ghi nhận, gồm 35 loài trùng lông, 10 loài rotifer và 3 loài tảo dị dưỡng. Rotifer chiếm ưu thế ở vùng nước ngọt và ít mặn, trong khi trùng lông chiếm ưu thế ở vùng nước mặn. Một hiện tượng bùng phát quần thể Tintinnopsis uruguayensis được ghi nhận trong mùa gió Đông Bắc tại vùng mesohaline. Phân tích thống kê (RDA, NMDS, SIMPROF) cho thấy độ mặn là yếu tố chính ảnh hưởng đến cấu trúc cộng đồng. Rotifer đóng vai trò quan trọng trong việc tái đóng gói dinh dưỡng từ vi sinh vật nhỏ sang sinh vật lớn hơn, góp phần vào chuỗi thức ăn phù du. Nghiên cứu lần đầu tiên ghi nhận vai trò sinh thái của rotifer trong hệ cửa sông Cochin, đề xuất cần đưa nhóm này vào các nghiên cứu vi sinh vật phù du trong tương lai.