Tuy nhiên, phải thừa nhận là những phương pháp vi sinh truyền thống này cũng có khá nhiều hạn chế khó khắc phục do vậy mà các tác nhân vi sinh phát hiện được chỉ như bề nổi của tảng băng trong khi đa số nằm trong phần chìm của tảng băng lại không thể phát hiện được. Do đó, việc ứng dụng công nghệ Multiplex realtime PCR (MPL-rPCR) trong xét nghiệm vi sinh lâm sàng thường quy là cần thiết nhờ độ nhạy và độ đặc hiệu của công nghệ này trong xét nghiệm là tuyệt đối cao, khắc phục hầu như được các trở ngại mà các phương pháp xét nghiệm vi sinh lâm sàng thường qui gặp phải. Tuy nhiên để công nghệ này có thể dễ dàng được áp dụng trong các phòng thí nghiệm lâm sàng thì phải đáp ứng được tính khả thi về cả hai mặt kỹ thuật và cả kinh phí. Muốn vậy thì công nghệ này phải được làm chủ trong nước và phải được triển khai áp dụng trên hệ thống mở để không bị lệ thuộc vào nguồn cung sinh phẩm từ nước ngoài vốn dĩ rất mắc tiền và cũng không bao phủ được đầy đủ các tác nhân vi sinh cần được phát hiện. Trong thời đại genomic hiện nay thì dữ liệu gene của hầu hết các tác nhân vi sinh gây bệnh đều có sẵn trong ngân hàng dữ liệu gen, chính nhờ vậy mà Viện Nghiên cứu và Phát triển Vi sinh Lâm sàng Việt Nam (VCM), trước đây là Viện Nghiên cứu về Gen và Miễn dịch Quốc tế, đã nghiên cứu và tự thiết kế được các trình tự mồi và taqman probe để phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh mà không cần thiết phải bị phụ thuộc vào các bộ xét nghiệm thương mại của nước ngoài. Không chỉ vậy, VCM còn làm chủ được công nghệ sản xuất các hạt nano từ bọc silica (có tên là MAGBEAD) để làm cơ sở chế tạo được bộ kit tách chiết nucleic acid (bao gồm cả DNA và RNA) từ các mẫu bệnh phẩm khác nhau với chỉ một qui trình trên các máy tách chiết tự động thuộc hệ thống mở. Các sản phẩm này đã được đánh giá hiệu quả qua các nghiên cứu trên các bệnh phẩm khác nhau. Với các công nghệ thuộc các hệ thống mở được làm chủ này, hiện nay xét nghiệm vi sinh lâm sàng hiện đại dựa trên công nghệ MPL-rPCR đã được triển khai áp dụng trên nhiều bệnh phẩm khác nhau như đàm, máu, quệt mũi hầu, dịch não tủy… và các kết quả đã giúp ích được nhiều không chỉ cho các bác sĩ điều trị mà cả trong theo dõi cũng như phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh có nguy cơ bùng phát dịch.