Bối cảnh:

  + HIV là một trong những đại dịch virus lớn nhất trong lịch sử loài người.

  + Dù đã có nhiều nỗ lực phòng chống, HIV vẫn tiếp tục lây lan.

  + Cần có các phương pháp mới để hiểu rõ động học dịch và can thiệp hiệu quả.

• Phương pháp:
•   + Phân tích chuỗi gen HIV-1 bằng các kỹ thuật như:
•     • Phylogenetics: dựng cây tiến hóa để xác định nguồn lây.
•     • Phylodynamics: kết hợp cây tiến hóa với mô hình dịch để ước lượng Re, R0, thời gian lây nhiễm.
•     • Phylogeography: phân tích sự lan truyền theo không gian và thời gian.
•   + Áp dụng mô hình toán học như SIR, birth-death skyline, structured coalescent.
•   + Kết hợp dữ liệu phân tử với dữ liệu dịch tễ học để điều tra ổ dịch, đánh giá hiệu quả ART, PrEP.
• - Kết quả:
•   + Phân tích mạng lây truyền giúp xác định nhóm nguy cơ cao như MSM, PWID.
•   + Ước lượng Re theo thời gian cho thấy hiệu quả của ART trong giảm lây nhiễm.
•   + Phân tích chuỗi gen giúp xác định nguồn lây trong các cặp serodiscordant.
•   + Phylodynamics có thể thay thế hoặc bổ sung cho giám sát dịch truyền thống.
• - Ý nghĩa:
•   + Dữ liệu phân tử giúp hiểu rõ động học dịch HIV, từ đó xây dựng chiến lược can thiệp hiệu quả.
•   + Có thể áp dụng cho các virus khác như HCV, Ebola, Zika.
•   + Cần kết hợp dữ liệu phân tử với dữ liệu dịch tễ học để có cái nhìn toàn diện.
• - Hạn chế và hướng phát triển:
•   + Thiếu dữ liệu chuỗi gen ở các nước thu nhập thấp.
•   + Cần phát triển mô hình tích hợp dữ liệu phân tử và xã hội học.
•   + Vấn đề đạo đức khi phân tích mạng lây truyền cần được quan tâm.