Tất cả các nhà máy đều vận hành hệ thống xử lý nước thải sinh học, chủ yếu dùng phương pháp bùn hoạt tính hiếu khí.

• Nước thải phát sinh chủ yếu từ quá trình rửa nguyên liệu, làm mát, hấp và vệ sinh thiết bị, với lưu lượng từ 70–330 m³/h, BOD dao động từ 500–2500 mg/L.
• - Chất thải rắn gồm vỏ, hạt, cuống, bã trái cây, bùn từ hệ thống xử lý nước thải. Một phần được dùng làm thức ăn chăn nuôi hoặc nhiên liệu sinh khối, phần còn lại chôn lấp hoặc xử lý bởi đơn vị chuyên trách.
• - Tổng hợp từ 56 nghiên cứu quốc tế cho thấy phụ phẩm cà chua, đào và mơ có thể được tận dụng để:
•   - Chiết xuất lycopene, carotenoid, polyphenol, chất xơ, protein, dầu thực vật.
•   - Sản xuất năng lượng qua đốt, nhiệt phân, khí hóa, ép dầu sinh học.
•   - Ứng dụng trong y học (ức chế ung thư, bảo vệ tim mạch), xử lý môi trường (hấp phụ kim loại nặng, thuốc nhuộm, chất hữu cơ).
• - Các phương pháp chiết xuất hiệu quả gồm: siêu âm, enzyme, CO₂ siêu tới hạn, vi nhũ tương, vi sóng, áp suất cao.
• - Tác giả khuyến nghị ngành chế biến rau quả Hy Lạp nên mở rộng hướng tận dụng phụ phẩm để tăng giá trị kinh tế và giảm tác động môi trường.