– Tôm nuôi tại 6 ao giống nhau về điều kiện quản lý, giống, thức ăn, nhiệt độ, độ mặn  

– Bệnh xuất hiện ngày 1/7, thu mẫu vào các ngày 1, 4 và 10/7 → tổng cộng 56 mẫu (26 khỏe, 30 bệnh)  

– Phân tích 16S rRNA vùng V3–V4 bằng Illumina MiSeq → thu được 1.95 triệu reads, 10,995 OTUs  

– Thành phần vi khuẩn chính: γ-Proteobacteria (54.2%), Actinobacteria (21.4%), Bacteroidetes (17.1%), Verrucomicrobia (6.3%)  

– Tôm bệnh có đa dạng vi khuẩn ruột thấp hơn rõ rệt, giảm dần theo thời gian  

– PCoA và ANOSIM cho thấy sự phân tách rõ giữa nhóm khỏe và bệnh  

– Hai OTUs được xác định là tác nhân gây bệnh tiềm năng:  

   • OTU27681: Vibrio tubiashii  

   • OTU14490: Vibrio harveyi  

– Hai OTUs này chiếm 64.5% khác biệt cộng đồng vi khuẩn giữa nhóm khỏe và bệnh  

– Mô hình Random Forest dự đoán chính xác 78.5% tình trạng sức khỏe tôm dựa trên hai OTUs  

– Phân tích fragmentation: loại bỏ hai OTUs gây vỡ mạng vi sinh vật → xác nhận vai trò gatekeeper  

– Định lượng gen độc lực bằng qPCR:  

   • bca, fdeC, tlpA tăng 2.2–3.4 lần ở tôm bệnh so với tôm khỏe  

– Phân tích tương tác vi sinh vật bằng MetaMIS:  

   • Tôm khỏe: tương tác chủ yếu là đối kháng (-/-) giữa Vibrio và Flavobacteriaceae, Garvieae, Photobacterium  

   • Tôm bệnh: chuyển sang cộng sinh (+/+) → tăng sinh vi khuẩn gây bệnh  

– Rhodobacteraceae OTU12580 mất ở tôm bệnh → mất cân bằng hệ vi sinh  

– Kết luận: V. tubiashii và V. harveyi là tác nhân gây bệnh đa vi khuẩn tiềm năng, có thể ứng dụng trong chẩn đoán và thiết kế probiotic