Nguồn tài chính gồm: ngân sách nhà nước (NSNN) và đầu tư từ doanh nghiệp. NSNN chiếm tỷ trọng lớn nhưng vẫn thấp so với nhu cầu thực tế.  

• Kinh phí hoạt động thường xuyên cấp theo biên chế, dẫn đến tình trạng xin tăng biên chế, lương thấp, khó thu hút nhân lực chất lượng cao.  
• - Cách trả lương mang tính bình quân, không phản ánh đúng mức độ cống hiến, gây chảy máu chất xám và tư tưởng “an phận”.  
• - Kinh phí bộ máy hạn chế, thủ trưởng đơn vị phải co kéo, giảm khảo sát, công tác phí, ảnh hưởng đến chất lượng nghiên cứu.  
• - Việc lập dự toán cho nhiệm vụ KH&CN gặp khó khăn do không có định mức cứng cho lao động chất xám, dẫn đến khoán chi chưa hợp lý.  
• - Nhiều nội dung chi quan trọng chưa được quy định rõ (thuê chuyên gia, đăng ký sáng chế, công bố quốc tế…), gây khó khăn khi thanh quyết toán.  
• - Tình trạng chia nhỏ đề tài để hợp thức hóa quyết toán phổ biến, ảnh hưởng đến chất lượng nghiên cứu.  
• - Quy trình cấp phát, quyết toán, kiểm tra tài chính còn chậm, thủ tục rườm rà, không gắn kết chặt chẽ với tiến độ chuyên môn.  
• - Thủ trưởng đơn vị không có quyền quyết định thu nhập cán bộ, thiếu công cụ điều hành hiệu quả.  
• - Thông tư 121/2014/TTLT-BTC-BKHCN là bước tiến mới, nhưng nhiều tổ chức vẫn lúng túng trong triển khai.