Phối hợp là phương thức quản lý nhà nước nhằm đảm bảo các cơ quan thực hiện hiệu quả chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn  

Phối hợp có thể theo chiều ngang (giữa các bộ, ngành) hoặc chiều dọc (giữa trung ương và địa phương)  

Hệ thống thực thi quyền SHTT ở Việt Nam gồm nhiều cơ quan: thanh tra các bộ, quản lý thị trường, hải quan, công an, UBND các cấp  

Điều 60 Nghị định 105/2006/NĐ-CP quy định cơ chế phối hợp giữa các cơ quan thực thi quyền SHTT, nhưng còn mang tính thụ động  

Chương trình 168 giai đoạn I (2006–2010) do 6 bộ ký kết, nhưng chưa được triển khai thực tế  

Chương trình 168 giai đoạn II (2012–2015) có tiến bộ: cam kết rõ ràng, thiết lập Ban thường trực, đề xuất phương án tài chính  

Một số hoạt động phối hợp đã diễn ra: trao đổi thông tin, đào tạo cán bộ, hợp tác quốc tế  

Tuy nhiên, hiệu quả còn hạn chế do thiếu kế hoạch tổng thể, thiếu kinh phí, chưa có đầu mối quốc gia, hoạt động trùng lắp với Ban chỉ đạo 389  

Phối hợp thực tế giữa các cơ quan còn đơn lẻ, theo vụ việc, chưa mang tính hệ thống  

Đề xuất thành lập Ban chỉ đạo quốc gia về SHTT do Phó Thủ tướng làm Trưởng ban, có Văn phòng thường trực đặt tại Bộ KH&CN  

Ban chỉ đạo xây dựng kế hoạch phối hợp toàn diện: chính sách, thanh tra, đào tạo, cơ sở dữ liệu, chia sẻ thông tin  

Cần đảm bảo kinh phí từ ngân sách nhà nước và từ các cơ quan thành viên  

Phải thiết lập cơ chế chuyển vụ việc giữa các cơ quan mà không yêu cầu người dân làm lại thủ tục  

Cần có sự chỉ đạo, đôn đốc thường xuyên và tổng kết định kỳ về công tác thực thi quyền SHTT