Phản ứng chuyển ester thường được thực hiện theo hai bước trong quy trình sản xuất biodiesel liên tục.  

• Tách glycerin sau bước đầu không làm dịch chuyển cân bằng phản ứng mà cải thiện động học nhờ tăng nồng độ xúc tác và methanol trong pha biodiesel.  
• - Các thí nghiệm so sánh một bước và hai bước cho thấy hiệu suất cao hơn rõ rệt ở quy trình hai bước.  
• - Việc phân bố methanol và xúc tác ảnh hưởng lớn đến tốc độ phản ứng và mức độ chuyển hóa.  
• - Nghiên cứu cân bằng pha cho thấy glycerin giữ lại phần lớn xúc tác và methanol, làm giảm hiệu suất nếu không tách.  
• - Đề xuất tối ưu hóa quy trình bằng cách phân bổ hợp lý methanol và xúc tác giữa hai bước, đồng thời tái tuần hoàn glycerin để nâng cao hiệu quả.