Hypoxia thường xảy ra vào mùa hè, do phân hủy sinh khối tảo và điều kiện phân tầng mạnh làm giảm trao đổi oxy.

• Chl-a bề mặt >3.0 mg/L là điều kiện cần để hình thành hypoxia, nhưng không phải lúc nào cũng đủ.
• - Sau khi TGD vận hành (2003), lượng phù sa giảm ~70%, khiến vùng Chl-a cao dịch chuyển gần bờ hơn, làm lệch khỏi vùng phân tầng tối ưu → giảm diện tích hypoxia.
• - Phân tích 3 giai đoạn:
•   - 1959–1988: hypoxia <5,000 km²
•   - 1990–2003: hypoxia tăng lên ~20,000 km²
•   - 2004–2013: giảm còn ~10,000 km², nhưng vẫn cao hơn giai đoạn đầu
• - Tương quan mạnh giữa diện tích vùng Chl-a >3.0 mg/L và diện tích hypoxia (r = 0.91), nhưng không có tương quan rõ giữa Chl-a trung bình và diện tích hypoxia.
• - Tác động của TGD:
•   - Trước TGD: Chl-a ở các vùng xa cửa sông (zones 4–6) tương quan mạnh với lưu lượng nước.
•   - Sau TGD: Chl-a dịch chuyển về gần cửa sông (zones 1–3), tương quan yếu hơn với lưu lượng.
• - Các yếu tố khác:
•   - Địa hình đáy (deep trough) giữ nước tầng đáy ổn định → thuận lợi cho hypoxia.
•   - Phân tầng nhiệt–muối mạnh nhất ở zones 2, 4, 6.
•   - Gió có ảnh hưởng phức tạp: gần bờ gió mạnh thúc đẩy tảo, xa bờ thì ngược lại.
•   - ENSO và PDO ảnh hưởng gián tiếp thông qua điều chỉnh lưu lượng sông, nhưng không có tương quan trực tiếp với Chl-a.