Phân chuồng không chỉ cung cấp dinh dưỡng mà còn cải thiện cấu trúc đất, tăng hoạt động vi sinh vật và thúc đẩy các cơ chế phòng vệ của cây trồng. Tác động “từ dưới lên” bao gồm việc hạn chế sự phát triển của sâu bệnh nhờ thay đổi hàm lượng dinh dưỡng và tăng sản sinh chất chuyển hóa thứ cấp. Tác động “từ trên xuống” thể hiện qua việc tạo môi trường thuận lợi cho thiên địch như nhện, bọ rùa, và ong ký sinh phát triển. Tuy nhiên, việc sử dụng phân chuồng quá mức có thể gây mất cân bằng dinh dưỡng và ảnh hưởng đến chất lượng nước. Bài viết cũng nêu ra các câu hỏi nghiên cứu cần thiết trong tương lai như: ảnh hưởng của phân chuồng đến tín hiệu hóa học của cây, sự tương tác với vi sinh vật đất, và khả năng kiểm soát sâu bệnh hiệu quả hơn.