Chỉ số mô bệnh học được phát triển từ 23 tổn thương mô học, tích hợp thành một giá trị duy nhất để đánh giá sức khỏe trai.  

Tuyến tiêu hóa bị tổn thương nghiêm trọng hơn tuyến sinh dục, đặc biệt ở các khu vực ô nhiễm như Getxo và Pasaia.  

Các tổn thương phổ biến gồm teo ống tiêu hóa, hoại tử, xâm nhập tế bào máu, xơ hóa và sự hiện diện của tế bào nâu.  

Ký sinh trùng như Nematopsis sp. và Mytilicola intestinalis ảnh hưởng đến chỉ số mô bệnh học, làm sai lệch đánh giá sức khỏe ở các khu vực ít ô nhiễm.  

Biến động theo mùa cũng ảnh hưởng đến chỉ số, với mùa thu là thời điểm phù hợp nhất để so sánh giữa các khu vực.  

Tuyến tiêu hóa được xác định là cơ quan mục tiêu nhạy nhất để đánh giá ảnh hưởng của chất ô nhiễm trong chương trình giám sát môi trường.