Cá ở MSD có tăng trưởng cao nhất, WGR và CF tốt hơn; cá ở HSD có trọng lượng thấp, gan nhỏ, mỡ nội tạng giảm; hàm lượng amino acid thiết yếu (EAA) và không thiết yếu (NEAA) cao nhất ở HSD, tiếp theo là MSD, thấp nhất ở LSD; tỷ lệ n-6/n-3 UFAs cao nhất ở LSD, thấp nhất ở HSD; các acid béo bão hòa chuỗi dài (C17:0–C22:0) tăng theo mật độ nuôi; phân tích RNA-seq cho thấy 394 DEGs liên quan đến vận động cơ, chuyển hóa, miễn dịch và tín hiệu; các gen myosin, kinase, enzyme chuyển hóa lipid và carbohydrate biểu hiện cao ở MSD; các gen liên quan đến stress, cytokine, tín hiệu miễn dịch như IL-6, IRF, SOCS, CD74, FABP3, BMPR1BB, PRKCA, RAC3A… biểu hiện cao ở MSD, thấp ở HSD; HSD và LSD có biểu hiện gen giống nhau hơn MSD; MSD có biểu hiện mạnh các gen liên quan đến glycolysis, lipogenesis, phosphoryl hóa và vận động cơ; HSD có biểu hiện cao các gen liên quan đến stress oxy hóa, chuyển hóa mỡ và suy giảm miễn dịch; LSD có biểu hiện cao các gen collagen và TGF-β do tăng trưởng nhanh; MSD có tỷ lệ n-3/n-6 UFAs cân bằng nhất, phản ánh chất lượng thịt tốt và khả năng chống viêm cao; kết luận: mật độ nuôi trung bình là tối ưu cho tăng trưởng, chất lượng thịt và sức khỏe miễn dịch của cá trắm cỏ.