Tổng cộng 321 triệu reads sạch được thu nhận và lắp ráp thành 93,877 Unigenes với N50 là 1185 bp; 86.48% Unigenes tương đồng với bộ gene của S. purpuratus; phân tích biểu hiện cho thấy 1557 gene biểu hiện khác biệt giữa nhóm bệnh (DUG) và khỏe (HUG), trong đó các con đường miễn dịch như phagosome và NOD-like receptor bị giảm biểu hiện rõ rệt ở nhóm bệnh; qPCR xác nhận biểu hiện của 6 gene tiêu biểu gồm CASP8, NCAN, STY46, TIGAR, TRAF3 và TRIM30A; phát hiện 15,990 SSR và hơn 500,000 SNP từ hai nhóm, cung cấp nguồn chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống kháng bệnh; phân tích GO và KEGG cho thấy các gene liên quan đến thực bào, nhận diện kháng nguyên, hoạt hóa bổ thể và liên kết thụ thể miễn dịch bị điều hòa khác biệt; biểu hiện giảm của V-ATPase trong phagosome cho thấy khả năng tiêu diệt mầm bệnh bị suy giảm ở nhóm bệnh; hai gene NLRP12 và NLRC3 thuộc con đường NOD-like cũng giảm biểu hiện, gợi ý vai trò điều hòa viêm bị ảnh hưởng; nghiên cứu cung cấp dữ liệu nền cho hiểu biết về cơ chế miễn dịch của nhím biển và hỗ trợ phát triển giống kháng bệnh trong nuôi trồng