Phân tích transcriptome thận đầu cá bơn Nhật (Paralichthys olivaceus) sau nhiễm chủng virus VHSV có độc lực trung bình và cao

( 0 đánh giá )
Miễn phí

Hai chủng VHSV: ADC-VHS2012-11 (độc lực trung bình, gây chết 20%) và ADC-VHS2014-5 (độc lực cao, gây chết 65%)  

Tổng cộng 2 tỷ reads thô, sau lọc còn 1.91 tỷ reads sạch, tạo ra 53,384 unigenes với độ dài trung bình 563 bp  

30,475 unigenes được chú thích qua Blastx và InterProScan; 22,233 có GO; 12,985 có KEGG; 10,046 có eggNOG  

GO phân loại 22,233 unigenes vào 52 nhóm chức năng, nổi bật là quá trình tế bào, liên kết phân tử, đáp ứng miễn dịch  

KEGG phân loại 12,985 unigenes vào 387 con đường, gồm các con đường miễn dịch như TLR, RLR, NF-kB, apoptosis, complement  

Tổng cộng 13,270 gen biểu hiện khác biệt (DEGs): 6578 ở nhóm độc lực trung bình, 6692 ở nhóm độc lực cao  

Các gen miễn dịch nổi bật gồm: TLR2, TLR3, TLR5, TLR13, TLR21, IRF3, IRF4, IRF7, IRF8, IFI44, IFI35, Mx, IL-8, caspase-6  

Biểu hiện gen được xác nhận bằng qRT-PCR, cho kết quả tương đồng với RNA-seq  

Phân tích DEG cho thấy nhóm độc lực cao kích hoạt mạnh các con đường apoptosis, NF-kB, TNF, chemokine, complement  

Các gen lectin (CLEC4M, galectin), cytokine (IL-6, IL-15, IL-18), và các thụ thể IFN đều tăng mạnh sau nhiễm  

Kết quả cho thấy VHSV độc lực cao gây ức chế biểu hiện gen miễn dịch sớm, nhưng kích hoạt mạnh vào ngày thứ 7  

Nghiên cứu cung cấp dữ liệu nền về miễn dịch kháng virus ở cá bơn Nhật, hỗ trợ phát triển vaccine và chọn giống kháng bệnh