Tổng cộng 19 biến thể mRNA của ERα được phân lập, bao gồm các dạng cắt nối thay thế ở đầu 5' và các biến thể mất đoạn ở vùng mã hóa.  

Hai biến thể chính là ERαL (dài, đầy đủ chức năng) và ERαs (ngắn, thiếu miền A) được biểu hiện khác nhau theo mô, giới tính, trạng thái sinh sản và phơi nhiễm estrogen.  

Cá từ vùng ô nhiễm (New Bedford Harbor, NBH) có biểu hiện ERαs thấp hơn và phản ứng yếu hơn với estrogen so với cá từ vùng sạch (Scorton Creek, SC).  

Tuy nhiên, NBH cá lại có phản ứng mạnh hơn với estrogen khi đo bằng biểu hiện gen vitellogenin (Vtg) và aromatase B (AroB), cho thấy sự điều hòa khác biệt giữa các chỉ thị.  

Hai biến thể mất đoạn đặc biệt (ERα 46 và ERα 46-8), thiếu miền liên kết ligand và miền hoạt hóa AF-2, chỉ xuất hiện ở một số cá NBH và liên quan đến giảm đáp ứng với estrogen.  

Biến thể ERαs và ERαL có tương quan chặt với biểu hiện Vtg, nhưng không với AroB, phản ánh vai trò riêng biệt của các thụ thể trong điều hòa gen đích.  

Phân tích hồi quy cho thấy sự hiện diện của biến thể mất đoạn làm giảm độ nhạy estrogen, có thể là cơ chế thích nghi với môi trường ô nhiễm estrogen kéo dài.  

Nghiên cứu đề xuất rằng cắt nối thay thế của gen esr1 là cơ chế điều hòa tự động và có thể là phản ứng thích nghi tiến hóa với xenoestrogen.