Nghiên cứu thực hiện trên 390 mẫu hải sản đại diện cho 5 loại nghề khai thác phổ biến tại Khánh Hòa gồm nghề chụp (mực), nghề lưới kéo (cá đồng), nghề lưới rê (cá ngừ bò), nghề lưới vây (cá nục) và nghề câu (cá cờ). Mẫu được lấy tại 5 cảng cá, 11 chợ và 10 cơ sở thu mua hải sản, trải đều trong 3 đợt trong năm. Phương pháp phân tích vi sinh gồm TCVN 4829:2005 (Salmonella), TCVN 4830-1:2005 (S.aureus) và TCVN 7924-2:2008 (E.coli), đối chiếu với Quyết định 46/2007/QĐ-BYT. Kết quả cho thấy cá nục có tỷ lệ mẫu không đạt cao nhất ở cả ba chỉ tiêu: Salmonella (28,2%), E.coli (17,9%) và S.aureus (16,7%). Chợ cá là địa điểm có tỷ lệ mẫu không đạt cao nhất: Salmonella (30,9%), E.coli (16,4%) và S.aureus (15,2%). Có 5 mẫu không đạt cả 3 chỉ tiêu, 28 mẫu không đạt 2 chỉ tiêu và 133 mẫu không đạt 1 chỉ tiêu. Nguyên nhân nhiễm vi sinh cao tại chợ cá được xác định do điều kiện bảo quản, vệ sinh dụng cụ và vệ sinh cá nhân không đảm bảo. Kết quả nghiên cứu cung cấp cơ sở khoa học cho việc kiểm soát chất lượng và an toàn thực phẩm hải sản tại địa phương.