Các nghiên cứu về truyền nhiễm chủ yếu sử dụng mô hình sống chung giữa cá khỏe và cá nhiễm hoặc đưa trực tiếp mầm bệnh vào nước. Các phương pháp kiểm soát mầm bệnh gồm chiếu tia UV, đèn LED ánh sáng xanh, lọc qua vật liệu, lọc qua màng, gia nhiệt, sóng siêu âm và ba phương pháp khác không thuộc nhóm trên. Hiệu quả khử trùng phụ thuộc vào chất lượng nước, tốc độ dòng chảy và các thông số kỹ thuật riêng của từng phương pháp. Việc không có nghiên cứu trực tiếp nào từ hệ thống aquaponics cho thấy đây là một lĩnh vực quan trọng nhưng bị bỏ ngỏ, đặc biệt khi nguy cơ bùng phát dịch bệnh có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến cả cá và cây trồng trong hệ thống tích hợp.