Giải trình tự Illumina sâu xác định các microRNA bảo tồn và mới ở cá trắm cỏ trong phản ứng với nhiễm virus GCRV

( 0 đánh giá )
Miễn phí

Cá được tiêm GCRV subtype II (2.97 × 10³ copies/µL), lấy mẫu lách tại 6 thời điểm; mỗi thư viện RNA có >20 triệu reads sạch; 373 miRNA biểu hiện ở cả 6 mẫu; 36 miRNA biểu hiện khác biệt gồm 20 miRNA đã biết và 16 miRNA mới; các gen mục tiêu gồm IL6, IRF2, C3, Gig2i; GO nổi bật gồm “blood coagulation”, “hemostasis”, “wound healing”; KEGG nổi bật gồm “complement and coagulation cascades”, “prion diseases”, “African trypanosomiasis”; 10 gen xác nhận bằng qPCR gồm C3, CFB, F2, F9, FGA, KNG1, PROC, PROS1, SERPINC1, VTN; các gen này giảm biểu hiện ở 3–5 dpi và tăng mạnh ở 7 dpi, sau đó giảm ở 9 dpi; 10 miRNA được xác nhận bằng qPCR cho kết quả tương đồng với RNA-seq; không phát hiện miRNA mã hóa bởi GCRV do thiếu cấu trúc vòng RNA đặc trưng; nghiên cứu cho thấy GCRV không tạo miRNA riêng, nhưng gây rối loạn biểu hiện miRNA của vật chủ, dẫn đến hoạt hóa quá mức con đường đông máu và triệu chứng xuất huyết.