Hiện trạng trầm tích gồm 6 loại: gmS (cát bùn sạn), S (cát), mS (cát bùn), SM (bùn cát), M (bùn), SC (sét cát), phân bố theo đặc điểm địa hình và thủy động lực.  

• Mô hình Mike 21FM kết hợp Mike 21 ST mô phỏng dòng chảy và vận chuyển trầm tích theo mùa kiệt (tháng 4) và mùa lũ (tháng 11).  
• - Kịch bản B2 năm 2030: đường bờ dịch chuyển nhẹ, phân bố trầm tích ổn định, tốc độ lắng đọng ~1.25–1.3 cm/năm.  
• - Kịch bản B2 năm 2050: đường bờ dịch chuyển mạnh phía Bắc (tối đa ~1.5 km), trung tâm đầm có tốc độ lắng đọng cao nhất (~1.5–1.6 cm/năm).  
• - Kịch bản B2 năm 2100: dòng chảy mạnh hơn, đặc biệt ở cửa đầm (vận tốc ~1 m/s mùa lũ), trầm tích mịn chiếm ưu thế phía Nam, tốc độ lắng đọng ~1.4–1.65 cm/năm.  
• - Quy luật phân dị trầm tích rõ rệt theo hướng dòng chảy Bắc–Nam, từ đỉnh đầm đến cửa đầm.  
• - Kết quả giúp đánh giá tác động của BĐKH đến môi trường đầm phá, hỗ trợ quy hoạch nuôi trồng thủy sản và bảo vệ hệ sinh thái.