Nước sông ở thượng nguồn có pH hơi axit (5.7–7.7), DO thấp (0.36–5.18 mg/L), nồng độ dinh dưỡng và kim loại vi lượng thấp, cho thấy chất lượng nước tốt.

• Khu vực đô thị (SG-9 đến SG-14) có DO giảm mạnh (tới 0.03 mg/L), N-NH₄ tăng đến 17.7 mg/L, kim loại như Cr và Hg tăng gấp 10 lần, phản ánh ảnh hưởng từ nước thải sinh hoạt và công nghiệp.
• - Tại vùng hạ lưu cửa sông, nước biển xâm nhập làm loãng dòng nước từ TP.HCM, giúp cải thiện chất lượng nước.
• - Phân tích cho thấy sự phân bố kim loại giữa pha hòa tan và pha hạt phụ thuộc vào DO, pH, DOC và lực ion. MMHg cao tại một số điểm (SG-1 và SG-7), cho thấy quá trình methyl hóa Hg trong điều kiện axit và thiếu oxy.
• - Chỉ số EF cho thấy mức độ ô nhiễm kim loại từ nhẹ đến nghiêm trọng tại các kênh đô thị, đặc biệt là Hg, Zn, Cu và As.
• - Nghiên cứu khuyến nghị cần cải thiện hệ thống xử lý nước thải và giám sát thường xuyên để bảo vệ chất lượng nước và hệ sinh thái hạ lưu, đặc biệt trong bối cảnh biến đổi khí hậu và nước biển dâng.