Vi sinh vật đất ảnh hưởng đến côn trùng gây hại trên mặt đất thông qua thay đổi sinh lý và hóa học trong cây, đặc biệt là phản ứng kháng hệ thống (ISR).

• Hầu hết nghiên cứu hiện tại chỉ tập trung vào một hoặc vài chủng vi sinh vật, trong khi hệ vi sinh vật đất gồm hàng ngàn loài tương tác phức tạp.
• - Các chiến lược điều hướng hệ vi sinh gồm: cấy ghép hệ vi sinh mới, cải tạo đất bằng chất hữu cơ, và sử dụng cây trồng để tạo hiệu ứng đất có lợi.
• - Vi sinh vật có thể trực tiếp ảnh hưởng đến côn trùng qua tương tác cộng sinh hoặc gây bệnh, ví dụ như nấm Beauveria bassiana có thể giết chết côn trùng và chuyển nitơ từ xác côn trùng sang cây.
• - Cây trồng có thể điều chỉnh hệ vi sinh vật đất thông qua tiết chất từ rễ, tạo ra phản hồi đất-cây-côn trùng (plant-soil-insect feedback).
• - Việc hiểu rõ cơ chế tương tác giữa cây, vi sinh vật và côn trùng sẽ giúp phát triển mô hình dự đoán và chiến lược quản lý nông nghiệp bền vững.