Cá giống có sự chiếm ưu thế của Brevinema (Spirochaetes) ở ruột sau, trong khi Cetobacterium (Fusobacteria) chiếm ưu thế ở cả hai giai đoạn. Phân tích DGGE cho thấy sự khác biệt về mô hình di truyền giữa các giai đoạn, với 11 nhóm di chuyển đặc trưng. Giải trình tự 16S rRNA thu được 229.665 reads, phân thành 934 OTUs sau lọc, với 7 ngành chính ≥1% gồm Fusobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Spirochaetes, Actinobacteria, Cyanobacteria và Bacteroidetes. Chỉ số Shannon cao hơn ở cá trưởng thành (4.1 ± 0.2), nhưng không khác biệt có ý nghĩa so với cá giống (2.6 ± 1.3, P = 0.16); Chao1 và số OTUs quan sát được cao hơn ở cá trưởng thành (P < 0.05). Phân tích PCoA và CAP cho thấy giai đoạn phát triển giải thích 39.4% sự khác biệt về β-diversity (PERMANOVA, P < 0.001). Các vi khuẩn có tiềm năng probiotic như Lactococcus lactis, Enterococcus faecium và Bacillus sp. được phân lập từ cá giống. Các vi khuẩn gây bệnh tiềm năng như Aeromonas hydrophila, Edwardsiella tarda, Plesiomonas shigelloides cũng được phát hiện, nhưng chưa xác định độc lực. Cetobacterium somerae chiếm ưu thế và có khả năng tổng hợp vitamin B12, đóng vai trò quan trọng trong tiêu hóa và miễn dịch của cá nước ngọt.