Hệ vi sinh vật trong trứng khác biệt rõ rệt so với nước ao tại thời điểm ấp, cho thấy sự chọn lọc vi sinh vật trên bề mặt trứng. Khi cá phát triển trong trại giống, hệ vi sinh vật ruột dần giống với nước nuôi, đặc biệt ở giai đoạn cá bơi lên và trước khi thả ao. Sau khi thả vào ao, hệ vi sinh vật ruột thay đổi mạnh, với Firmicutes chiếm ưu thế sau 24 giờ và Fusobacteria tăng mạnh sau 21 ngày. Alpha diversity (chỉ số Simpson nghịch đảo và số lượng OTU) cao nhất ở giai đoạn sau thả 21 ngày. PERMANOVA cho thấy không có khác biệt đáng kể giữa các gia đình ở giai đoạn trứng và trại giống, nhưng có tương tác đáng kể giữa giai đoạn, gia đình và ao nuôi sau khi thả. Heatmap và PCoA cho thấy hệ vi sinh vật ruột và nước ao có xu hướng hội tụ theo thời gian. Các chi như Vibrio, Aeromonas, Flavobacterium, Cetobacterium, Clostridium sensu stricto xuất hiện nhiều ở giai đoạn sau thả, phản ánh khả năng xâm nhập từ môi trường. Edwardsiella được phát hiện ở nước ao giai đoạn ấp trứng nhưng không thấy trong ruột cá, cho thấy mức độ thấp hoặc chưa xâm nhập. Kết luận: hệ vi sinh vật ruột cá tra biến động mạnh theo thời gian, bị ảnh hưởng bởi môi trường ao và gia đình cá, có ý nghĩa quan trọng trong việc ứng dụng probiotic và quản lý bệnh trong nuôi cá tra.