Cá trắm được thu từ cùng một ao nuôi, chia thành nhóm khỏe mạnh và nhóm có dấu hiệu viêm ruột. Phân tích vi sinh cho thấy cá bệnh có đa dạng vi sinh cao hơn, với sự gia tăng các chi như Dechloromonas, Methylocaldum, Planctomyces, Rhodobacter, Caulobacter, Flavobacterium và Pseudomonas. Các chi như Citrobacter, Cetobacterium và Leptotrichia giảm ở cá bệnh. Phân tích chức năng bằng PICRUSt cho thấy các con đường chuyển hóa amino acid, carbohydrate và phân hủy chất độc tăng ở cá bệnh, trong khi con đường pentose phosphate tăng ở cá khỏe. Kết quả cho thấy sự thay đổi hệ vi sinh có liên quan đến viêm ruột, mở ra hướng chẩn đoán và kiểm soát bệnh qua vi sinh vật đường ruột.