– Ao nuôi tại Ningbo, Trung Quốc; 30 ao giống nhau về quản lý, mật độ thả 360,000 con/ao  

– Phân loại sức khỏe tôm theo màu ruột:  

   • BI (ruột đen): khỏe  

   • RI (ruột đỏ): bán khỏe  

   • EI (ruột trắng): bệnh  

– Thu mẫu ngày 26/6 sau khi có dịch bệnh ở 3 ao → lấy mẫu nước và tôm từ 7 ao (4 khỏe, 3 bệnh)  

– Tổng cộng 1.89 triệu trình tự chất lượng cao, phân loại thành 38 ngành vi khuẩn  

– Các ngành chính: Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Planctomycetes, Actinobacteria  

– BI có đa dạng vi khuẩn ruột cao hơn EI (P<0.001); nước có đa dạng cao hơn ruột  

– NMDS cho thấy cấu trúc vi khuẩn ruột thay đổi liên tục từ BI → RI → EI  

– MANOVA:  

   • Habitat (nước/ruột) chi phối 14.6% biến thiên cộng đồng vi khuẩn  

   • Health status chi phối 7.7% biến thiên  

– 38 họ vi khuẩn thay đổi rõ giữa BI và EI:  

   • BI: tăng Bacillaceae, Lactobacillaceae (ức chế mầm bệnh, kích thích miễn dịch)  

   • EI: tăng Vibrionaceae (gây bệnh), Sphingobacteriales (hưởng lợi từ môi trường giàu dinh dưỡng)  

– 119 OTUs chỉ thị được xác định bằng IndVal:  

   • BI: 10 OTUs  

   • RI: 29 OTUs  

   • EI: 14 OTUs  

   • WH (nước khỏe): 47 OTUs  

   • WD (nước bệnh): 22 OTUs  

– Heatmap và NMDS từ các OTUs chỉ thị cho thấy khả năng phân biệt rõ giữa các nhóm  

– Mối liên hệ giữa vi khuẩn ruột và nước: BI gần giống WH, EI gần giống WD  

– COD, NO₂⁻, PO₄³⁻ tăng ở ao bệnh → gây stress môi trường → thay đổi cộng đồng vi khuẩn  

– Gợi ý: có thể dùng các OTUs chỉ thị để đánh giá sức khỏe tôm và chọn probiotic phù hợp