Sau khi tích nước năm 2003, mực nước vùng nước ngược tăng từ 65 m lên 145 m, tốc độ dòng chảy giảm mạnh, gây tích tụ N và P, dẫn đến phú dưỡng và tảo nở hoa.

   - Tảo nở hoa xảy ra thường xuyên tại các phụ lưu như sông Xiangxi, Meixi, Daninghe, Xiaojiang… với mật độ tảo lên đến 1.5 × 10⁸ tế bào/L và Chl-a từ 1500–3000 µg/L.

   - Vận hành thủy điện theo chu kỳ cao điểm điện năng (sáng và tối) tạo ra dao động mực nước 0.3–0.5 m mỗi ngày, tương đương thủy triều nhân tạo.

   - Dao động này tạo ra trao đổi dòng chảy 300–500 m³/s giữa dòng chính và phụ lưu, tương đương lưu lượng mùa lũ.

   - Mô hình thủy lực 1D (TGR-HM) mô phỏng dao động mực nước và lưu lượng tại các điểm như Fuling, Wanxian, Wushan.

   - Tác động môi trường gồm: tăng vận tốc dòng chảy lên 0.10–0.20 m/s, giảm thời gian lưu nước, tăng trộn, giảm độ trong, làm suy yếu điều kiện sống của tảo.

   - Mô hình khuếch tán N/P cho thấy hàm lượng dinh dưỡng giảm rõ rệt sau khi áp dụng dao động nhân tạo.

   - Vận hành thử nghiệm từ tháng 6/2009 cho thấy hiệu quả rõ rệt trong việc giảm tảo nở hoa.

   - Tác động phụ: tăng độ phức tạp vận hành, hao mòn cơ khí, cần chính sách giá điện cao điểm để khuyến khích áp dụng.