Bối cảnh:

  + Tăm bông trực tràng thường dùng để sàng lọc VRE, CRE.

  + Chất lượng mẫu hiện đánh giá bằng mắt (có/không dính phân), dẫn đến loại bỏ ~10% mẫu, gây chậm trễ và tăng chi phí.

  + Cần chỉ thị nội sinh khách quan để đánh giá độ đầy đủ mẫu, tương tự như kiểm soát chất lượng ở tăm bông mũi họng.

• Phương pháp:
•   + Thu 717 mẫu từ người khỏe mạnh (tự lấy hoặc do điều dưỡng lấy), không loại bỏ mẫu “sạch”.
•   + So sánh hai xét nghiệm qPCR: RNase P (DNA người) và 16S rDNA (DNA vi khuẩn).
•   + Xử lý mẫu theo hai quy trình: “trực tiếp” và “tách chiết DNA”.
•   + Đặt ngưỡng Cq dựa trên mẫu âm tính để phân loại mẫu đạt/không đạt.
• - Kết quả chính:
•   + RNase P phản ứng dương tính ở ~69–74% mẫu; 16S rDNA dương tính ở 95–99% mẫu.
•   + 16S rDNA có Cq thấp hơn RNase P >11 đơn vị, phản ánh tải lượng vi khuẩn cao hơn nhiều so với DNA người.
•   + Trong 44 mẫu “không dính phân” bị loại bỏ theo quy trình thường quy, 93% vẫn đạt ngưỡng 16S rDNA.
•   + Nếu dùng ngưỡng Cq 27,7 cho 16S rDNA, chỉ ~2% mẫu bị coi là không đạt, thay vì ~10% theo đánh giá thị giác.
• - Thảo luận:
•   + RNase P không phù hợp làm chỉ thị độ đầy đủ mẫu trực tràng do tải lượng DNA người thấp.
•   + 16S rDNA là chỉ thị tốt hơn, ổn định giữa các quy trình xử lý mẫu.
•   + Áp dụng 16S rDNA giúp giảm loại bỏ mẫu không cần thiết, rút ngắn thời gian trả kết quả, giảm số lần lấy lại mẫu và nguy cơ lây nhiễm chéo.
• - Kết luận:
•   + Đề xuất dùng qPCR 16S rDNA làm kiểm soát nội sinh cho tăm bông trực tràng trong sàng lọc phân tử VRE, CRE.
•   + Giúp cải thiện hiệu quả xét nghiệm, tiết kiệm chi phí và thời gian.