Bối cảnh:

  + Melioidosis là bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, tỷ lệ tử vong cao, chưa có vắc-xin.

  + B. pseudomallei kháng nhiều loại kháng sinh, điều trị khó khăn, dễ tái phát.

  + Các protein ompA, bipB, fliC, groEL đã được chứng minh kích thích đáp ứng CD4+ T-cell bảo vệ.

  + Vắc-xin epitope có thể an toàn hơn, hạn chế phản ứng chéo, tăng hiệu quả.

• Phương pháp:
•   + Thu thập trình tự protein từ GenBank.
•   + Dự đoán epitope CD4+ T-cell gắn mạnh HLA-DR bằng NetMHCIIpan (ngưỡng strong binder: %rank <0,5 hoặc IC50 <50 nM).
•   + Loại bỏ epitope trùng với proteome người (BLASTp) và kiểm tra cơ sở dữ liệu epitope (MHCBN, IEDB, SYFPEITHI).
•   + Phân tích độ bao phủ quần thể bằng công cụ IEDB Population Coverage.
•   + Chọn epitope có số lượng HLA-DR binding allele cao nhất (epitope set I–III).
• - Kết quả chính:
•   + Dự đoán: bipB (50 epitope), groEL (45), fliC (29), ompA (25).
•   + Chọn epitope set III (2 epitope/protein) vẫn đạt độ bao phủ tương đương toàn bộ tập epitope.
•   + 8 epitope lõi bao phủ >90% dân số ở hầu hết vùng lưu hành; cao nhất ở Úc (97,76%), thấp nhất ở Tây Nam Á (~78%).
•   + Các epitope không trùng với trình tự người, chưa có trong CSDL epitope công bố.
• - Thảo luận:
•   + Epitope set III tối ưu hóa số lượng nhưng vẫn duy trì độ bao phủ rộng, thuận lợi cho thiết kế vắc-xin đa thành phần.
•   + Phân bố HLA-DR khác nhau giữa các khu vực phù hợp với dịch tễ melioidosis.
•   + Cần thẩm định thực nghiệm khả năng kích thích miễn dịch của các epitope này.
• - Kết luận:
•   + 8 epitope lõi từ ompA, bipB, fliC, groEL là ứng viên tiềm năng cho vắc-xin epitope phòng melioidosis.
•   + Phương pháp in silico giúp rút ngắn thời gian sàng lọc, tăng tính khả thi.