Tổng cộng 245 triệu reads sạch được thu từ ba thư viện RNA: trophont (73.15M), tomont (62.23M), theront (109.57M)  

De novo assembly tạo ra 49,104 unigenes, trong đó 9,253 contigs không bị nhiễm từ cá chủ hoặc vi khuẩn  

8,569 contigs có chú thích trong cơ sở dữ liệu NR, 7,041 contigs trùng với các loài ciliates khác như I. multifiliis, Tetrahymena spp., Paramecium  

GO phân loại 9,253 unigenes vào 43,436 thuật ngữ chức năng, nổi bật là quá trình tế bào, xúc tác, liên kết, đáp ứng kích thích  

KEGG phân loại vào 230 con đường, gồm ribosome, spliceosome, chuyển hóa carbon, purine  

Phân tích DEG cho thấy 2,470 gene biểu hiện khác biệt giữa các giai đoạn:  

– Tomont vs Theront: 2,011 DEG (1,103 tăng, 908 giảm)  

– Tomont vs Trophont: 1,404 DEG (631 tăng, 773 giảm)  

– Theront vs Trophont: 1,797 DEG (805 tăng, 992 giảm)  

5 cụm biểu hiện gene chính:  

– Cụm 1 & 2: gene tăng ở tomont, liên quan đến phân chia tế bào, sinh sản, điều hòa tăng trưởng  

– Cụm 3: gene tăng ở trophont & tomont, liên quan đến chuyển hóa dinh dưỡng, stress thẩm thấu  

– Cụm 4 & 5: gene tăng ở theront, liên quan đến đáp ứng kích thích, stress muối, chuyển hóa protein  

Phát hiện 9 transcript I-antigen, trong đó 2 transcript biểu hiện cao ở cả 3 giai đoạn (RPKM > 200), có thể là mục tiêu vaccine  

Phát hiện 122 transcript protease, chủ yếu là cysteine protease họ calpain (82), 6 protease biểu hiện cao ở trophont (RPKM > 100)  

Xác nhận biểu hiện gene bằng qPCR cho 8 gene, hệ số tương quan với RNA-seq từ 0.82 đến 0.99  

Nghiên cứu cung cấp dữ liệu nền về sinh lý phân tử của C. irritans, hỗ trợ phát triển vaccine DNA, thuốc ức chế protease, và chiến lược kiểm soát bệnh