Phân tích transcriptome phản ứng miễn dịch của thận đầu cá tầm Dabry (Acipenser dabryanus) với vi khuẩn Aeromonas hydrophila

( 0 đánh giá )
Miễn phí

Tổng cộng 195240 unigenes được thu nhận từ 42 triệu reads chất lượng cao, với độ dài trung bình 564 bp  

41702 unigenes được chú thích trong cơ sở dữ liệu NR, chủ yếu tương đồng với Lepisosteus oculatus (34.45%)  

GO phân loại 195240 unigenes thành 3 nhóm chính: quá trình sinh học, thành phần tế bào, chức năng phân tử  

KOG phân loại 27770 unigenes vào 26 nhóm chức năng, trong đó nhóm lớn nhất là cơ chế truyền tín hiệu (17.49%)  

KEGG phân loại 36031 unigenes vào 335 con đường, trong đó 2902 unigenes liên quan đến miễn dịch  

Sau khi nhiễm A. hydrophila, có 1728 gen biểu hiện khác biệt (980 tăng, 748 giảm), liên quan đến 16 con đường miễn dịch  

Các con đường miễn dịch nổi bật gồm: TLR, RLR, NLR, chemokine, bổ thể, trình diện kháng nguyên, cytokine-cytokine receptor  

Các gen TLR1, TLR2, TLR4, TLR5, MyD88, IL-8, IL-1B, CCL20, CXCL10, MASP1, FGB, TRAF1, HSP90 đều tăng mạnh sau nhiễm  

Biểu hiện gen được xác nhận bằng qPCR tại các thời điểm 4h, 24h, 48h sau nhiễm, cho kết quả tương đồng với RNA-seq  

Phân tích cây phát sinh chủng loài cho thấy TLRs của cá Dabry có quan hệ gần với các loài cá xương cổ đại  

Nghiên cứu cung cấp dữ liệu nền về miễn dịch ở loài cá tầm quý hiếm, hỗ trợ bảo tồn và phát triển vaccine phòng bệnh