Phân tích sâu bộ phiên mã đáp ứng sốc nhiệt ở dòng tế bào cá tầm Đại Tây Dương (Acipenser oxyrinchus)

( 0 đánh giá )
Miễn phí

– Dòng tế bào AOXlar7y được nuôi ở 25 ℃, xử lý sốc nhiệt ở 30 ℃ và 35 ℃ trong 1 giờ  

– RNA được thu sau phục hồi 4, 8, 24 giờ và giải trình tự bằng Illumina HiSeq2500  

– Ba bộ phiên mã tham chiếu được xây dựng: Cell, Organ, COE (Cell-Organ-Embryo)  

– COE có tỷ lệ ánh xạ cao nhất (89.6%) → dùng cho phân tích biểu hiện  

– Tổng cộng 3020 contigs biểu hiện khác biệt: 2302 tăng, 714 giảm, 4 thay đổi tùy điều kiện  

– 35 ℃ gây đáp ứng mạnh hơn 30 ℃: nhiều gen tăng biểu hiện, nhiều GO terms liên quan đến stress, viêm, di chuyển tế bào  

– 27 contigs tăng biểu hiện ở hầu hết điều kiện, gồm 5 gen HSP: hspb1b, hspb11a, hspb11b, hsph3a, hspc1  

– hspb11a tăng mạnh nhất (~3296 lần), là ứng viên chỉ thị nhiệt tốt nhất  

– Tổng cộng 76 gen HSP và 6 gen HSF được chú thích từ bộ phiên mã  

– 16 gen HSP có đáp ứng nhiệt rõ rệt, chủ yếu thuộc nhóm HspB (ATP-independent)  

– hspa1 (hsp70) chỉ tăng ở 35 ℃, không phải chỉ thị ổn định  

– Các gen khác như clu, grb2b, npr2, ccdc17 cũng tăng biểu hiện → liên quan đến sống sót tế bào  

– Kết luận: hspb11a là chỉ thị nhiệt tiềm năng cho chọn lọc cá tầm có khả năng chịu nhiệt tốt trong chương trình phục hồi