Protease 3C (3Cpro) là cysteine protease then chốt trong quá trình xử lý polyprotein của virus, cắt tại các vị trí Gln–Gly, cần thiết cho sự trưởng thành và nhân lên của virus → mục tiêu điều trị tiềm năng.

• Dữ liệu cấu trúc tinh thể: CV-A16/3Cpro–rupintrivir (PDB 3SJI), EV-A71/3Cpro–rupintrivir (3R0F), EV-D68/3Cpro–SG85 (3ZVF). Cấu trúc SG85–CV-A16 và SG85–EV-A71 được dựng bằng chồng ghép cấu trúc.
• - Mô phỏng MD 50 ns trong môi trường nước TIP3P, phân tích RMSD, liên kết hydro, phân rã năng lượng từng gốc amino acid.
• - Gốc amino acid đóng góp ổn định chính: L125, L127, T142, A144, G163, N165, F170; SG85 còn tương tác thêm với F25, H40, S128.
• - Liên kết hydro bền:
•   + Rupintrivir–CV-A16: 1 liên kết chính (P3–G164).
•   + SG85–CV-A16: 3 liên kết (P1–T142, P3–G164, P4–S128).
•   + Rupintrivir–EV-A71: 2 liên kết (P3–G164, P4–S128).
•   + SG85–EV-A71: thêm liên kết P1–T142.
• - Năng lượng tự do liên kết (kcal/mol, MM-PBSA):
•   + CV-A16: rupintrivir –6,9; SG85 –11,2 → SG85 mạnh hơn ~4 kcal/mol.
•   + EV-A71: rupintrivir –7,8; SG85 –7,8 → tương đương.
• - Tương tác van der Waals là lực đóng góp chính; tương tác điện tĩnh của SG85 với cả hai protease mạnh hơn rupintrivir.
• - Hàm ý: SG85 là khung cấu trúc hứa hẹn để phát triển thuốc ức chế 3Cpro, đặc biệt với CV-A16; cả hai chất có thể là đầu mối cho thiết kế thuốc chống HFMD.